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為強化國家關鍵基礎設施安全並維護港區作業秩序，行政院核定《商港法》第36條之1及第65條之1，自115年2月1日起施行。未經許可於商港區域內從事遙控無人機飛航活動，或經許可但違反規定者，將處新台幣30萬元以上、150萬元以下罰鍰，情節重大者並得沒入無人機。
配合法規上路，交通部航港局同步發布「商港區域特定範圍內遙控無人機飛航活動申請及管理辦法」，並公告「商港區域特定範圍」。新制規定，僅政府機關（構）、學校或法人得申請於特定範圍內飛航，且須於活動7日前備齊文件提出申請。
申請程序方面，國際商港、布袋港及澎湖港須向臺灣港務公司提出；金門港與馬祖港則分別向金門縣政府及連江縣政府申請，經審查核准後方可執行飛航。
航港局指出，獲准飛航者仍須遵守操作規範，包括操作人不得受酒精或精神作用物質影響，不得有危害生命及財產行為；飛行期間禁止競速、投擲或噴灑物件，並須保持避讓警覺，與遮蔽物保持30公尺以上距離，確保不影響港區現場作業安全。
此外，於商港區域內操作無人機，除遵循《商港法》及相關辦法外，亦須符合《民用航空法》與《遙控無人機管理規則》規定。航港局提醒使用者務必事前申請並詳閱法規，避免違規受罰。
